Эта статья — часть Большого Мануала по настройке lamp-сервера на debian.

Предыдущая часть цикла — Сносим всё дерьмо, которое принес хостер.

Следующая часть цикла — Настраиваем openssh-server.

Перед тем, как что-то ставить на сервер, нужно удостовериться, что в souces.list не прописаны репозитории хостера. Мало ли, что он туда положил.
Первым делом (у нас debian всё ещё, напоминаю) снесем лишнее, если оно есть:

Если он скажет, что там не было файлов — черт с ним.
Теперь очистим файл /etc/apt/sources.list:

Ниже я привожу свои sources.list, которые я на текущий момент раскатываю на сервера. Возьмите для своей версии и положите в sources.list.
Для Debian 6 Squeeze:

Для Debian 7 Wheezy:

Для Debian 8 Jessie:

Весь мануал дальше исходит из того, что у вас именно такой sources.list. Но вообще из важного у меня только percona-mysql вместо апстримового mysql (а вам, скорее всего, разницы не будет между ними). Ну и backports ещё полезным может оказаться.
Главная ваша задача, в любом случае, переключиться на официальные зеркала.

Если вы в дальнейшем планируете тоже ставить перкону (то есть, если вы скопировали строчку с их репозиторием), то добавьте в систему ключ их репозитория:

Ну и осталось целиком удалить кеш списков пакетов и вытянуть его с официальных зеркал.
Удаляем:

Обновляем локальный кеш списка доступных пакетов:

В дальнейшем используйте только вторую команду.

Ну а теперь мы с чистой совестью можем начинать ставить пакеты на сервер.