Всё. Меня вывели из себя. «KeepassX сломали в убунте 12.04, KeepassX сломали, его нужно патчить, блаблабла, автор сволочь.»
Проблема в том, что если свернуть его в трей — то развернуть уже не получится.
На хабре советуют пересобрать его руками, на #ubuntu-ru разводят руками. Бла-бла-бла.
В общем. Для тех кому интересен технический фарш. Сломали не KeepassX, а sni-qt. И починить это можно без того, чтобы патчить keepass — достаточно написать правильный конфиг для sni-qt. Касается это Unity и GnomeClassic режима в precise.

(не забудьте дописать KeepassX в whitelist трея).

И вставляем вот такой текст:

После чего жмем ^D (ctrl-D).

После этого спокойно сворачиваем KeepassX в трей. По клику по иконке увидите пункт «Активровать» или «Activate». Теперь KeepassX будет разворачиваться из трея. Корявенько, но работает.