Частенько случается такое, что у вас на руках есть только сам сертификат и ключ. Ну там клиент прислал. Для корректной же настройки https нужен ещё и т.н. «CA Bundle» (или по-простому — цепочка сертификатов вплоть до корневого).
Ещё чаще клиент не знает, что это за сертификат, откуда он его взял, а уж тем более ничего не знает про то, где взять bundle для него. Многие админы начинают выяснять у кого этот сертификат куплен, эмпирически пытаться найти цепочки, ну и другие глупости делать.

Адекватный сисадмин же знает, что у любого сертификата, кроме корневого, есть поле CA Issuers, в котором можно посмотреть, каким сертификатом подписан текущий. Ну а дальше, имея эту информацию, можно построить цепочку, используя только openssl, да wget/curl.

Для примера я взял бесплатный StartSSL-евский сертификат, у которого цепочка весьма длинная.
Допустим, мы его получили сразу в PEM-формате (то есть обычном текстовом — в моём примере это файл debian.pro.crt), чуть ниже будет пример того, как сертификат можно превратить в PEM. Погнали:

Окей, первым сертификатом в CA Bundle станет http://aia.startssl.com/certs/sub.class1.server.ca.crt. Качаем его:

Получим файл sub.class1.server.ca.crt в DER-формате. Чтобы его можно было скормить в nginx/apache/whatever, нужно конвертировать его в PEM:

Продолжаем строить цепочку.

Опять качаем http://aia.startssl.com/certs/ca.crt, конвертируем его в pem. У меня получился файл ca.pem.crt. Пытаемся построить цепочку дальше:

В ca.pem.crt уже нет поля Issuers, т.к. это «корневой» сертификат, никем не подписанный — его добавляют в доверенные уже на клиентах (в браузере, в системе). Единственная оговорка, что бывают кросс-подписанные сертификаты, в таком случае у вас на каждый следующий сертификат будут чередоваться 2 сертификата в Issuers — тогда просто остановитесь на самом первом из них.

Осталась самая мелочь — подготовить crt-файл для apache/nginx.
Для nginx я делаю так:

Для апача старых версий придется держать отдельные файлы (но ca-bundle нужно собрать в один файл):

Всё. Занимает секунд 30 и не нужно лишних писем и ожиданий ;)