По традиции в бубунте в очередном релизе поломали половину галочек в гуёвом конфигураторе. Но нам-то что.
Вообще фича очень удобная, чтобы не переключать раскладку, когда постоянно переключаешься между жаббером и терминалом. Включается (к слову в любом gtk-based поделии) так:
user@server:~$ dconf write /org/gnome/libgnomekbd/desktop/group-per-window true
тоже полезная инфа