Сейчас на КИТе нашли отличный способ сменить пароль пользователю из шелла (а значит и из скрипта). В общем, кто сталкивался с этой проблемой — поймут меня.

UPD: в комментариях указали другой способ смены пароля от рута:
root@host:~# echo "username:password" | chpasswd

Такой способ тоже подходит, но не является универсальным. Например, во FreeBSD утилиты chpasswd нет.
EOUPD

Суть такая:

Сменим пароль руту на megapassword (запуск от рута):
root@host:~# echo -e "megapassword\nmegapassword\n" | passwd
Сменим пароль пользователю username (запуск от рута)
root@host:~# echo -e "megapassword\nmegapassword\n" | passwd username
Для того, что бы было понятнее, покажу что в кавычках с пробелами:
«megassword \n megapassword \n», где megapassword — новый пароль, а \n — «нажатие» клавиши enter (а точнее — перенос строки)

Сменим пароль пользователю username при запуске от username:
username:~$ echo -e "oldpassword\nmegapassword\nmegapassword\n" | passwd
Здесь добавляется третья строка в выводе echo, в которой нужно указать старый пароль. Чего я в общем-то вам не советую.

Ну и чтобы не было вопросов о том, что происходит:

inky@laptop1:~$ echo -e "oldpassword\nmegapassword\nmegapassword\n"
oldpassword
megapassword
megapassword

То есть мы на STDIN passwd скармливаем STDOUT echo. А echo и «жмет enter»